Toyota consiguió en las 6 Horas de Fuji el doblete y cruzó la meta con sus dos pilotos japoneses. Kamui Kobayashi fue el primero en ver la bandera de cuadros otorgando la primera victoria de la temporada para el Toyota número 7 junto a Mike Conway y Pechito López. Esta vez el Toyota 8 con Fernando Alonso, Kazuki Nakajima y Sébastien Buemi no pudo con sus rivales más directos como sí ocurrió en las otras tres carreras.

Para la marca japonesa hubo una carrera dividida en dos partes bien diferenciadas. La prueba empezó bajo la lluvia y, en trazado mojado, el monoplaza de Alonso con Nakajima al volante dio su mejor versión. Cada vuelta aventajaba en dos segundos al otro prototipo pilotado por Kobayashi. El ritmo del número 8 era desproporcionado pero todo cambió cuando dejó de llover y la pista se secó.

El Toyota 7 empezó a volar en la pista seca hasta conseguir pasar por delante de sus rivales y lograr una diferencia que ni el asturiano ni Buemi fueron capaces de recortar en sus tandas. De esta manera, Alonso se quedó sin una nueva victoria pero afianza su liderato junto a su equipo en el mundial después de que el Rebellion 3 tuviera que abandonar por un fortísimo accidente. El Toyota 8 aventaja en 13 puntos al otro prototipo de la marca japonesa y en 21 al primer Rebellion.

En LMP2 se llevó la victoria el Jackie Chan DC Racing 37 en un doblete con el 38 y un podio que completa el Singatech Alpine Matmut número 36. En los GTE-Pro, el Porsche 92 firma su segunda victoria de la temporada, con el BMW 82 y el Ford 67 en el podio. En GTE-Am, el Porsche del equipo Project 1 número 56 se impuso en Japón con la segunda posición del Porsche del equipo Dempsey-Proton número 88 y el tercer puesto para el Aston Martin del equipo TF Sport número 90.